莫拉克颱風造成農業災害，澎湖縣也達到農業天然災害低利貸款標準，農委會公告為救助地區。連同先前已經公告的縣市，共有雲林、嘉義、台東、花蓮、台南縣市等15個縣市，符合低利貸款標準。

這15個縣市中，有14個縣市同時符合現金救助標準門檻。農委會方面表示，14個達到現金救助標準的縣市，已經有12縣市完成災情複勘，陸續受理農漁民申請現金救助。還沒完成複戡的地區，也在加緊複勘中，近日可望完成並受理申請。

由於中南部受災地區農作物災損持續顯現，農委會將隨時依照各縣市政府查報情況，更新農業災情資料。